Die Führungsstruktur von JAHEE JA gewährleistet eine koordinierte Verwaltung dieser JA und ihre größtmögliche Wirkung auf die von den Mitgliedstaaten zu beschließenden Politiken.

Die strategische, die exekutive und die operative Führungsebene gehören zu den drei wichtigsten Entscheidungsgremien des Konsortiums. Nämlich: Die Generalversammlung, der Lenkungsausschuss und der Aktionskoordinator.

Externe Beratung wird während des Implementierungsprozesses eingerichtet. Derzeit ist nur das Expertengremium einsatzbereit